故事围绕着被分配到问题学生聚集地D班的绫小路清隆，以及他与同班同学在校园中艰难奋斗的经历展开。在TV动画第四季《欢迎来到实力至上主义教室 第四季：二年级第一学期》里，春假结束后，绫小路与轻井泽发展成了恋人，而堀北也不再对其才华出众的哥哥岳抱有崇拜。随着人物关系的逐步转变，众人一同升入二年级。绫小路和其他二年级新生即将面临他们升入二年级后的首次特殊考试——一场笔试，他们需要与一年级新生组队。然而，在这些一年级新生之中，隐藏着来自白屋的月城派遣的刺客。这种打破年级界限的新型组合关系，最终会掀起波澜还是归于平静？校园生活的第二年，便在这样的悬念中正式开启。
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